Собранные первым отделом по расследованию особо важных дел следственного управления Следственного комитета Российской Федерации по Самарской области доказательства признаны судом достаточными для вынесения  приговора Фанису Гайнутдинову. Он признан виновным в совершении преступлений, предусмотренных ч. 1 ст. 282.2 УК РФ (организация деятельности экстремистской организации), ч. 2 ст. 205.5 УК РФ  (участие в деятельности организации, которая в соответствии с законодательством Российской Федерации признана террористической).

По версии следствия, Гайнутдинов, являющийся с 2003 года участником международной террористической организации «Хизб ут-Тахрир аль-Ислами», что установлено приговором  Промышленного районного суда города Самара, вступившим в законную силу в январе 2006 года, был признан виновным в участии в деятельности организации, в отношении которой судом принято вступившее в законную силу решение о запрете деятельности в связи с осуществлением экстремисткой деятельности, ему было  назначено наказание в виде пяти лет лишения свободы.

Однако, Гайнутдинов, отбыв наказание и освободившись в 2008 году из мест лишения свободы, будучи достоверно осведомленным, что организация «Хизб ут-Тахрир аль-Ислами», решением Верховного суда РФ года признана террористической и её деятельность  запрещена на территории Российской Федерации, от участия в деятельности  международной террористической организации не отказался и продолжил осуществлять вербовку новых участников как при личных встречах, сборах так и посредством сети Интернет.

После возбуждения уголовного дела, у Гайнутдинова был проведен обыск, в ходе которого обнаружены и изъяты книги и брошюры экстремистского характера.

Приговором суда Гайнутдинову назначено наказание в виде лишения свободы сроком на 6 лет, с отбыванием в исправительной колонии общего режима.